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AG Dilthey

Die AG Dilthey arbeitet auf der Schnittstelle zwischen neuen Sequenzierungstechnologien, bioinformatischer und statistischer Modellierung, und Anwendungen in der Diagnostik und Grundlagenforschung.

Mit unserer Forschung tragen wir dazu bei, die enormen technologischen Fortschritte in der Genom-Sequenzierungstechnologie für die Generierung von biologisch-medizinischem Wissen nutzbar zu machen.

Wichtige Ziele unserer derzeitigen Forschung sind

  1. Methoden für die genaue Immun-Genotypisierung menschlicher Genome zu entwickeln, diese auf die größten menschlichen Genom-Kohorten (z.B. UK Biobank, mit ca. 500,000 eingeschlossenen Probanden) anzuwenden und daraus neue Erkenntnisse über z.B. die genetischen Grundlagen von Autoimmunkrankheiten zu gewinnen;
  2. die Charakterisierung der Zusammenhänge zwischen dem menschlichen Mikrobiom und menschlicher Gesundheit, insbesondere im Bereich der hämatologisch-onkologischen Erkrankungen zu erforschen;
  3. neue  Methoden für die schnellere Diagnose von Sepsis, insbesondere über die schnelle Sequenzierung zellfreier DNA („Liquid biopsy“) zu entwickeln;
  4. die  Variabilität mikrobieller Genome, insbesondere im Bereich der Mobilen Genetischen Elemente (MGEs) und Genom-Evolution zu erforschen;
  5. neue Systeme („Integrated Genomic Surveillance“) zu entwickeln, die über eine Kombination von viraler Genom-Sequenzierung mit Kontaktnachverfolgung eine hochaufgelöste Untersuchung der Infektionsketten von SARS-CoV-2- und anderer Pathogene ermöglichen und
  6. bioinformatische Methoden zu entwickeln, insbesondere für Graph-Genome und die metagenomische Sequenzierung.

Bei Interesse an Bachelor-, Master- und PhD-Projekte melden Sie sich bitte; Voraussetzung für die Arbeit in unserer Gruppe sind existierende Kenntnisse oder zumindest ein großes Interesse plus Motivation zum Selbststudium an Bioinformatik, statistischer Modellierung und/oder Computational Biology.

Populations-Immungenomik

Aus der Populationsgenetik gewonnene Erkenntnisse zu immunbedingten Krankheiten.

HLA*LA und HLA*IMP

Methoden für die Genotypisierung des HLA-Region in Hunderttausenden von Individuen.

Graph Genomes

Skalierbare und reproduzierbare Methoden für die Konstruktion, Evaluierung und Verwendung von Genom-Graphen (Teilprojekt B).

HematoDETECT

Zellfreie DNA als diagnostischer Marker in der Hämatologie.

VaginOMICS

Charakterisierung vaginaler Mikrobiome mit Nanopore-Sequenzierungsverfahren.

SARS-CoV-2 Contact Tracing

Entwicklung einer Echtzeit-SARS-CoV-2-Sequenzierungsplattform mit genomischem Contact Tracing.

GenSurv-Infrastruktur

Ko-Koordinierung und Mitentwicklung der GenSurv-Infrastruktur für genomische Surveillance des "Netzwerks Universitätsmedizin".

Bioinformatische Methoden-entwicklung

Entwicklung von Methoden mit dem besonderen Fokus auf Genom-Inferenz, Genom-Graphen und k-mer-basierten Algorithmen.

Verantwortlichkeit: