AG Finzer

Der menschliche Organismus wird von Pilzen, Bakterien und Viren besiedelt, dem sogenannten humanen Mikrobiom. Dieses steht sowohl mit lebenswichtigen physiologischen Funktionen, wie etwa der Verdauung, als auch mit zahlreichen Erkrankungen im Zusammenhang.

Das humane Mikrobiom ist nicht gleichartig über den Körper verteilt, sondern bildet, je nach Besiedlungsort bzw. anatomischer Nische, spezifische mikrobielle Gemeinschaften („Mikrobiota“) aus. Im Fokus unserer Untersuchungen stehen dabei die mikrobiellen Gemeinschaften des Mund- Rachen-Raumes sowie des Genitaltraktes.

Krankhafte Veränderungen gehen dabei in aller Regel mit Veränderungen der Mikrobiota bzw. des Besiedlungsmusters („Dysbiose“) einher. Solche Dysbiosen stehen dabei mit zahlreichen Erkrankungen in Verbindung: Veränderungen des oralen Mikrobioms mit verschiedenen Formen der Demenz (z. B. der Alzheimer Erkrankung (AD)); Veränderungen des genitalen Mikrobioms mit vaginalen Entzündungen (z. B. der bakteriellen Vaginose (BV) oder der vulvovaginalen Candidose (VVC)) oder Entzündungen der Gebärmutterschleimhaut (z. B. der chronischen Endometritis oder Endometriose).

Die Besiedlungsmuster lassen sich heute mit der „next-generation sequencing“ (NGS) Methode bestimmen. Damit lassen sich Mikroorganismen taxonomisch bestimmen und deren relative Häufigkeiten („Abundanz“) ermitteln. Allerdings stehen unterschiedliche NGS-Verfahren zur Mikrobiom-Analyse zur Verfügung, deren Einfluss auf die Bestimmung von Dysbiosen vielfach ungeklärt ist.

Die Arbeitsgruppe hat sich daher zum Ziel gesetzt, die folgenden Fragen zu bearbeiten:

1. Besteht ein Zusammenhang von oralem Mikrobiom („Dysbiose“) und der Alzheimer- Erkrankung; dazu sequenzieren wir in einer klinischen Studie Speichelproben von Patienten mit AD und deren Lebenspartnern.

2. Besteht ein Zusammenhang von vaginalem Mikrobiom („Dysbiose“) und der bakteriellen Vaginose; dazu sequenzieren wir in einer klinischen Studie Vaginalabstriche von Patientinnen mit BV und einer gesunden Kontrollgruppe.

3. Haben unterschiedliche NGS-Systeme bzw. -Methoden Einfluss auf die Sequenzierungsergebnisse; dazu werden die Proben aus den klinischen Studien mit unterschiedlichen NGS-Methoden sequenziert und die Ergebnisse verglichen (zusammen mit der AG Dilthey).

4. Lassen sich Interaktionen von Bakterien, die wir im Mikrobiom finden, mit menschlichen Zellen bzw. Zelllinien im Labor systematisch untersuchen; dazu etablieren wir Co- Kultivierungs-Systeme von Bakterien und Zelllinien.

Teammitglieder
1. Enid Graeber, medizinische Doktorandin
2. Christian Weber, medizinischer Doktorand
3. Rebecca Gulba, medizinische Doktorandin
4. Alina Polifke, Masterstudentin, Molekular Biomedizin
5. Alesja Radini, Masterstudentin, Molekulare Biomedizin